1928年在北平燕京大学历史系学习。1935年赴美留学，1938年获哈佛大学哲学博士学位。同年入巴黎大学深造，1939年回国，先后任云南大学、北平中国大学、燕京大学教授，燕京大学教务长、代理校长。1952年调入中央民族学院，先后任研究部主任、历史系教授、系主任等。历任北京市教育局局长，国家民族事务委员会委员、中国社会科学院历史研究所、民族研究所研究员、副所长等职。中国人民政治协商会议全国委员会第三、四、五、六届委员。翁独健先生长于元史、蒙古史和中国北方民族史的研究。所著《斡脱杂考》《蒙元时代的法典编纂》等文受到国内外学术界的重视。被推选为中国元史、蒙古史研究会、民族史学会、中国史学会理事和联合国教科文组织国际中亚文化研究联合会副会长。1985年被聘为《中国大百科全书》总编辑委员会委员。
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